Cinge-se a controvérsia em definir a quem compete processar e julgar - se à Justiça Trabalhista ou à Justiça comum - pedidos decorrentes de relação de trabalho no cargo de Agente de Saúde Pública entre servidor público e o município que previu a adoção do regime celetista.

O art. 8º da Lei n. 11.350/2006, que regulamenta o § 5°, do art. 198 da Constituição Federal e que trata das atividades dos Agentes de Combate às Endemias, estabeleceu o regime celetista nas hipóteses de contratação de agente comunitário de saúde, salvo se o ente público adotar forma diversa por meio de lei local, de modo que "será celetista o regime aplicável apenas se Estados, Distrito Federal e Municípios não dispuserem de forma diversa" (AgRg no CC n. 136.320/RS, Rel. Ministro Mauro Campbell Marques, Primeira Seção, julgado em 12/11/2014, DJe 17/11/2014).

A Lei Municipal n. 3.935/2007, por sua vez, estabeleceu que "os Agentes Comunitários de Saúde e os Agentes de Combate às Endemias serão admitidos na forma do disposto no art. 9º da Lei Federal n. 11.350, de 5 de outubro de 2006, e submetem-se ao regime jurídico estabelecido pela Consolidação das Leis do Trabalho - CLT, eis que são vinculados a Programas Federais, passíveis de descontinuidade" (art. 6º).