O arquivamento do inquérito ou procedimento investigativo criminal será obrigatório, caso o membro do Ministério Público Federal que atua perante o Superior Tribunal de Justiça formalize o respectivo pedido por inexistirem suficientes elementos de materialidade, bem como autoria (ausência de base empírica) para a continuidade das investigações ou o oferecimento da peça acusatória.

Por outro lado, se o requerimento ministerial de arquivamento do inquérito é fundamentado na extinção da punibilidade ou atipicidade da conduta, compete ao Judiciário uma análise meritória do caso com aptidão para formação da coisa julgada material, com seu inerente efeito preclusivo, não se aplicando as disposições do art. 18 do CPP, pois a decisão vinculará o titular da ação penal.

O Supremo Tribunal Federal possui jurisprudência sobre o tema: "se o Poder Judiciário, ao reconhecer consumada a prescrição penal, houver declarado extinta a punibilidade do indiciado/denunciado, pois, em tal caso, esse ato decisório revestir-se-á da autoridade da coisa julgada em sentido material, inviabilizando, em consequência, o ulterior ajuizamento (ou prosseguimento) de ação penal contra aquele já beneficiado por tal decisão, ainda que o Ministério Público, agindo por intermédio de novo representante e mediante reinterpretação e nova qualificação dos mesmos fatos, chegue a conclusão diversa daquela que motivou o seu anterior pleito de extinção da punibilidade". (HC 84253, Relator Celso de Mello, Segunda Turma, julgado em 26/10/2004).