A audiência de custódia tem finalidades sistêmicas totalmente distintas daquelas desempenhadas pela audiência de instrução e julgamento.

A audiência de custódia possui limitações, pois não se pode antecipar o julgamento de mérito do processo com aprofundamento instrutório. Contudo, tendo-se em vista que no ato há um contato da defesa com um juiz, deve-se dar primazia ao exercício do contraditório de modo oral e com imediação, para controle da legalidade da prisão e especial atenção à revisão de ilegalidades manifestas.

Ainda que eventualmente questões sobre a prisão ou eventuais abusos possam ser levantadas pelas partes na audiência de instrução, deve-se perceber que tais questões seriam objeto de análise incidental, e não o tema central da audiência a ser submetido ao contraditório. A depender da inércia das partes, esses pontos podem nem mesmo ser abordados.

Além disso, aceitar a superação da necessidade de realização da audiência de custódia pelo transcurso do prazo e a ocorrência da audiência de instrução findaria por transmitir uma mensagem distorcida aos operadores do sistema criminal, no sentido da desnecessidade da medida.

Com base nesse entendimento, a Segunda Turma, diante do empate na votação, deu parcial provimento aos agravos regimentais, para conceder parcialmente a ordem de habeas corpus. Vencidos os ministros Nunes Marques (relator) e Edson Fachin, que negaram provimento aos recursos.