Quanto à competência para julgamento de controvérsia envolvendo direitos de servidor contratado para exercer cargo em comissão, o Supremo Tribunal Federal, provocado por meio de reclamação, entende que a competência continua com a Justiça Comum mesmo se o servidor ocupante de cargo em comissão for regido pela CLT.

Nesse sentido: "(...) 1. Incompetência da Justiça Trabalhista para o processamento e o julgamento das causas que envolvam o Poder Público e servidores que sejam vinculados a ele por relação jurídico-administrativa. 2. O eventual desvirtuamento da designação temporária para o exercício de função pública, ou seja, da relação jurídico-administrativa estabelecida entre as partes, não pode ser apreciado pela Justiça do Trabalho. 3. A existência de pedido de condenação do ente local ao pagamento do Fundo de Garantia do Tempo de Serviço - FGTS não torna a Justiça do Trabalho competente para o exame da ação. (...)" Rcl 7.039 AgR, Rel. Min. Cármen Lúcia, Tribunal Pleno, DJe 8/5/2009.